خلاف الفريق/ الشاذلي مع المشير/ أحمد إسماعيل علي: تصادف وجود العقيد/ سعد الشاذلي والعميد/ أحمد إسماعيل في الكونغو عام 1960م، حاول خلالها أحمدإسماعيل فرض هيمنته الإدارية والعسكرية على الشاذلي بحكم رتبته العسكرية الأعلى، رغم اختلاف مهمتيهما ومرجعيتيهما ... ورفض الشاذلي هذا المنطق وتبادل كلاهما الكلمات الخشنة حتى كادت أن تصل إلى الاشتباك بالأيدي!
وبعد أن علمت القيادة بالقاهرة بذلك استدعت اللجنة وانتهى الصِّراع ولكن آثاره بقيت في أعماق كل منهما، وبعد عودة الشاذلي من الكونغو، لم يكن هناك أي اتصال مباشر بينهما حيث أن أحمد إسماعيل كان في المشاة بينما الشاذلي كان في المظلات.
وفي 10 مارس 1969م، فُوجِئ الشاذلي بتعيين أحمد إسماعيل رئيسًا لهيئة أركان حرب القوات المسلحة بعد استشهاد الفريق أول/ عبد المنعم رياض في 9 مارس من نفس العام، فقام الشاذلي بتقديم استقالته لدى مكتب وزير الحربية/ محمد فوزي، باعتبار أن أحمد إسماعيل سيحتكّ به مرة أخرى من خلال منصبه الجديد، ولكن الرئيس/ جمال عبد الناصر تدخَّل وأرسل أشرف مروان إلى الشاذلي حيث أقنعه بالعودة إلى عمله بعد أن أكد له وعد الرئيس/ جمال عبد الناصر بعدم احتكاك أحمد إسماعيل به.
وبالفعل لم تطأ قدم أحمد إسماعيل طوال الشهور الستة التي قضاها رئيسًا للأركان قاعدة أنشاص التي كان يعمل بها الشاذلي قائدًا للقوات الخاصة (الصاعقة والمظلات) إلى أن تم إحالة أحمد إسماعيل إلى التقاعد بأمر من الرئيس/جمال عبد الناصر في 9 سبتمبر 1969م، إثر حادثة الإغارة الإسرائيلية على الزعفرانة في خليج السويس.
وفي 26 أكتوبر عام 1972م، أقال الرئيس/ أنور السادات الفريق أول/ محمد صادق لاختلافهما حول خطة العبور، وقام بتعيين أحمد إسماعيل وزير الحربية وقائدًا عامًا للقوات المسلحة، وكان قبلها قد استُدعِي من المعاش وعيَّنه الرئيس/ أنور السادات مديراً للمخابرات العامة في 15 مايو عام 1971م ... عرض الرئيس/ أنور السادات الأمر على الفريق الشاذلي، وكانت مفاجأة سيئة بالنسبة له، فرَوَى للرئيس التاريخ الطويل للخلافات بينهما مما يجعل التعاون بينهما شبه مستحيل؛ ولكن الرئيس/ أنور السادات أكَّد له أن العلاقة بينهما ستكون حسنة وأفضل كثيرًا من العلاقة السابقة بينه وبين الفريق أول/ محمد صادق وفكر الشاذلي وقتئذ في الاستقالة، ولكن منعه عاملين:
أولهما: إن استقالته سوف تُفسَّر على أنها تضامن مع الفريق أول/ محمدصادق بعد اقالة الرئيس له.
وثانيهما: أن البعض قد يُفسِّر استقالته بأنه لا يريد دخول الحرب، في حين أن الحقيقة هي عكس ذلك.