وحين كان رئيسا للجامعة كان بانتظاره واحد من أكثر أدواره المثيرة للجدل السياسى فى ديسمبر/ كانون الأول 2006 عندما تفجرت القضية المعروفة باسم "ميليشيات الأزهر" عقب تنظيم طلاب ملثمين من جماعة الإخوان المسلمين عرضاً اعتبره البعض عسكريا، داخل الجامعة، فيما أصرت الجماعة على كونه "استعراضاً رياضياً"، حينها اتخذ الطيب موقفاً حاسماً ضد الطلاب، وانتهت القضية بثمن سياسى باهظ دفعته الجماعة بعد إحالة عدد من أبرز قياداتها إلى المحاكمة العسكرية، على خلفية قضية "الميليشيات".