تهمته أنه ينتمي إلي جماعة كانت أحد القائمين علي اقتحام السجون وسفك دماء هناك , وهروب أكثر من 11000 مسجون , ثم الكذب ( علي لسان مرسي نفسه ) بأن من قام بفتح السجون هم الأهالي ( مرسي قال الأهالي يا من تدعون أن الشرطة هي من قامت بذلك بناء علي أوامر العادلي )
أما عن تهمته التي تم اعتقاله بسببها فهي كما قال القاضي : ورود معلومات تؤكد بأن جماعة الاخوان ستقوم بتنفيذ بعض العمليات من أجل الاستيلاء علي الحكم مستغلة التظاهرات والاحتجاجات التي يقوم بها الثوار .