ثم في العصر المملوكي سدت معظم هذه الأبواب، وحوفظ فقط على الأبواب الرئيسية الأربعة،
وهي : باب جبريل، والنساء، والسلام، والرحمة، وأطولها وأجملها باب السلام، ولهذه الأبواب مصاريع من خشب الجوز، عليها نقوش بالنحاس الأصفر.
وقد حافظت أعمال التوسعة السعودية المعاصرة على هذه الأبواب الخمسة، وأضافت إليها مثلها، وهي : باب الملك عبد العزيز، ويقع في الجهة الشرقية للجناح الفاصل بين الصحنين، وباب الملك سعود، ويقع مقابل باب الملك عبد العزيز في الجهة الغربية، ويتكون كل منهما من ثلاث فتحات متلاصقة، وباب سيدنا عثمان وباب سيدنا عمر (رضي الله عنهما)، ويقعان في الجهة الشمالية للمسجد الشريف، وباب الصديق ويقع مكان خوخة أبي بكر الصديق (رضي الله عنه) في الجهة الغربية من العمارة المجيدية .
في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز، أدخل عدد من الأبواب المتقدمة ضمن عمارتها، وهي : باب سيدنا عمر وعثمان والباب المجيدي وباب الملك عبد العزيز والملك سعود وباب البقيع .
كما وضع للمبنى الجديد سبعة مداخل واسعة : ثلاثة في الجهة الشمالية، واثنان في كل من الشرقية والغربية، وفي كل مدخل سبعة أبواب؛ اثنان متباعدان، بينهما خمسة أبواب متجاورة.
ويضاف إليها أبواب أخرى مفردة أو مزدوجة تؤدي إلى السلالم الكهربائية والعادية، موزعة على 41 مدخلا. وقد بلغ مجموع أبواب الحرم بعد هذه التوسعة 85 باباً ومدخلاً .
تزدان ساحة الحرم الشريف بالقباب الجميلة التي تضفي على المكان جواً قدسياً مهيباً.
وفي عام 1119 هـ أضاف السلطان العثماني محمود الأول رواقاً في جهة القبلة، وسقّف ما يليه بعدد من القباب .
قام النبي (عليه الصلاة والسلام) يخطب يوم الجمعة إلى جذع نخلة في المسجد، وكان الجذع بين مكان المنبر والمحراب.
ولما شق عليه القيام اتخذ منبرا يجلس عليه ويخطب .
في عهد الرسول (صل الله عليه وسلم) وخلفائه الراشدين كان المنبر مكوناً من ثلاث درجات، طوله من الجنوب إلى الشمال أربعة أشبار وشيء، ومجلسه ذراع في ذراع، وارتفاعه ذراعان، له رمانتان، ارتفاع الواحدة نصف ذراع. وكان (صل الله عليه وسلم) يقف على الدرجة الثالثة منه، ثم نزل الصديق درجة، ثم عمر كذلك، وأقام عثمان على الدرجة السفلى ست سنين، ثم ارتقى بعدها حيث كان (صل الله عليه وسلم) يقف .
في عام 886 هـ احترق المسجد النبوي الشريف، واحترق معه المنبر، فبنى أهل المدينة منبراً من الآجر، طلوه بالنورة والجير ثم أرسل السلطان الأشرف قايتباي منبراً من الرخام الأبيض، حرص السيد السمهودي أن يضعه موضع منبر النبي (صل الله عليه وسلم) تحديدا، فلم يوافق متولي العمارة، فوضع مقدما إلى القبلة عشرين قيراطا، وزحف إلى الروضة ثلاثة قراريط (خمسة أصابع) .